Проф. Елиза Стефанова е председател на Националната агенция за оценяване и акредитация, за каквато е избрана от Министерски съвет, и от октомври същата година ръководи Агенцията.
В периода ноември 2019 г. – септември 2023 г. проф. Елиза Стефанова за втори мандат е заместник-ректор на Софийския университет “Св. Климент Охридски”, с ресор информационни дейности и академичен състав.
През ноември 2015 година е избрана за заместник-ректор на Софийския университет “Св. Климент Охридски”, с ресор информационни дейности, академичен състав и администрация.
От май 2015 година Елиза Стефанова е заместник-декан по учебната дейност на магистри и следдипломна квалификация във Факултета по математика и информатика на Софийския университет “Св. Климент Охридски”.
През 2010 година Елиза Стефанова специализира в Института по образование в Лондон (UCL), Великобритания.
Академична кариера на Елиза Стефанова започва през 1999 година във Факултета по математика и информатика на Софийския университет “Св. Климент Охридски”, където тя преминава последователно през всички нива – от асистент, през главен асистент, доцент и професор, за каквато е избрана през 2020 година. Ръководила е четирима успешно защитили докторанти, от които един чуждестранен. Автор е на над 120 научни публикации на английски, български, френски и руски език и има над 300 цитирания. Участвала е като експерт и ръководил в над 45 национални и международни проекти.
Проф. Елиза Стефанова е дългогодишен експерт към Министерството на образованието и науката при изработването на учебните програми за задължителна подготовка по компютърно моделиране и информационни технологии. Над 20 години е член на националната комисия на олимпиадата по информационни технологии, член е на комисията на националното състезание по компютърни мрежи за ученици. Автор е на 20 учебници и учебни помагала по информатика и информационни технологии, както за ученици, така и за възрастни.
Още като студентка Елиза Стефанова стартира професионалната си кариерата – през 1989 г. започва работа като програмист в Университетския изчислителен център на Софийския университет “Св. Климент Охридски”. През 1993 година специализира в CWI в Амстердам, Нидерландия и става първият ръководител на направление “Мрежи и комуникации” в УИЦ. Под нейно ръководство мрежата на Софийския университет попада в топ 25 през 1995 година. През 1998 година под нейно ръководство е създаден първият сайт на Университета, който е първи в класацията за най-добър сайт в България през същата година.
Елиза Стефанова е магистър по „Информатика“ от втория випуск във Факултета по математика и информатика на Софийския университет “Св. Климент Охридски” и доктор отново от Факултета по математика и информатика на Софийския университет “Св. Климент Охридски”. Сертифициран инструктор е на Мрежовата академия на Cisco, преминала през множество други специализации и обучения в областта на компютърните мрежи, операционните системи, високопроизводителните изчисления, управлението на софтуерни проекти, образованието и други. Притежава над 35-годишен професионален опит.